دستگاه استخباراتی پاکستان (آی‌اس‌آی) به مثابه یک نهاد مستقل در دولت پاکستان فعالیت می‌کند. این سازمان در تحولات داخلی و خارجی پاکستان نقش برجسته داشته است، از این رو، استفاده‌ی ابزاری از گروه‌های بنیاد‌گرا و افراطی، یکی از استراتژی‌های این سازمان در عملی ساختن سیاست‌‌هایش محسوب می‌شود.

به طور کلی، سه نوع سیستم آموزشی مذهبی، دولتی و خصوصی در پاکستان مسلط‌اند. مدرسه‌های دینی، یکی از مشهورترین آن‌ها است که فقیرترین قشر جامعه‌ی پاکستان در آن مصروف آموزش‌های دینی‌اند. نظام آموزشی دولتی به زبان اردو بوده و در‌برگیرنده قشر متوسط اجتماعی – اقتصادی جامعه‌ی پاکستان است. طبقه ثروت‌مند این کشور هردو سیستم را دور می‌زنند و فرزندان‌شان را جهت آموزش با‌کیفیت به نهاد‌های خصوصی که به زبان انگلیسی تدریس می‌شود، می‌فرستند. نظام سه‌بعدی آموزشی، سبب گسترش نگرش‌های متفاوت شده است. دانش‌آموزان مدرسه‌های دولتی گرایش کم‌تری به بنیاد‌گرایی و افراطیت دارند، ولی در مقایسه با دانش‌آموزان خصوصی، بیش‌تر با افکار بنیادگرایانه آشتی‌پذیر اند. از سویی هم، مدرسه‌های دینی از دست‌رسی به علوم جدید به دور نگهداری می‌شوند تا باشد که زمینه را برای گسترش افراطیت مهیا سازند. نشانه‌های بارز این راهکار دستگاه استخباراتی ارتش پاکستان، در زمان حکم‌روایی طالبان در افغانستان به گونه‌ی برجسته دیده شد.

طالبان در زمان فرمان‌روایی خود در افغانستان، نظام آموزشی دولتی را از علوم جدید به علوم دینی تغییر دادند و دختران را از حق تعلیم و تحصیل محروم ساختند. این عمل‌کرد طالبان با وضوح بیان‌گر این است که آی‌اس‌آی برای ترویج افکار بنیادگرایانه و افراطیت در افغانستان برنامه‌های قبلی داشته است. در حال حاضر، حمله بر مرکز آموزشی و نهادهای تحصیلات عالی افغانستان، شالوده از استراتژی تقویت افکار افراطی دستگاه استخباراتی ارتش پاکستان است. تقویت و حمایت مدرسه‌های دینی از سوی پاکستان در مناطق دور‌افتاده افغانستان، زمینه را برای ترویج و گسترش بنیاد‌گرایی فراهم ساخته است. نبود نصاب آموزشی معیاری و یکسان در این مدرسه‌ها و نگاه تندروانه به آموزه‌های دینی با توجه به سلیقه‌ی مجریان آن، سبب به میان آمدن اختلافات در برداشت‌ها و قرائت‌ها از دین شده است. این اختلاف‌ها فضای علمی کشور را نیز متأثر ساخته است. وزارت حج و اوقاف که مسوولیت تنظیم و انسجام برنامه‌های آموزشی – دینی را در کشور برعهده دارد، نتوانسته است در زمینه اقدامات موثر و عملی در پیش داشته باشد. با این حال، فضا برای گسترش بنیاد‌گرایی و افراطیت هموار شده و استخبارات پاکستان نیز از این فرصت استفاده‌ی بهینه کرده است.

حضور گروه‌های بنیاد‌گرا وافراطی نه تنها خطری برای کشورهای منطقه و جهان شده‌، بل برای حکومت پاکستان نیز به یک تهدید بالقوه و بالفعل مبدل شده است. هرچند در ظاهر بارها مقام‌های پاکستانی از نقش مستقیم مدرسه‌های دینی این کشور در حملات تروریستی انکار کرده‌اند، ولی تشدید حملات تروریستی باعث شده که ایالات متحده امریکا و جامعه بین‌المللی بر حکومت پاکستان فشار وارد کند تا فعالیت‌های مدرسه‌های دینی را محدود سازد. این اقدامات اما به علت حمایت آی‌اس‌آی از این گروه‌ها، نتیجه‌ی ملموسی در پی نداشته است.

آی‌اس‌آی برای تطبیق استراتژی پاکستان، از گروه‌های بنیاد‌گرا و افراطی استفاده‌های ابزاری می‌کند. مدرسه‌های دینی، به مثابه نهاد‌های تولید‌کننده نیروی افراطی و بنیاد‌گرا، از جایگاه خوبی نزد این سازمان برخوردار بوده‌اند. مدرسه دیوبندی بزرگ‌ترین نهاد در رشد بنیاد‌گرایی در دو دهه گذشته بوده است. جمعیت‌العلمای اسلام، سپاه صحابه و اهل حدیث، سه گروه متعلق به مدرسه دیوبندی‌اند که عقاید، شعارها و حامیان خارجی واحد دارند. در این میان صرف جمعیت‌العلمای اسلام در کنار رویکرد نظامی و فرهنگی، رویکرد سیاسی را نیز در پیش گرفته و به عنوان یک حزب سیاسی در بدنه‌ی دولت پاکستان فعالیت می‌کند. گروه طالبان با هرسه این گروه روابط خوب داشته است. مولوی سمیع‌الحق که رهبری جمعیت‌العلمای اسلام را برعهده داشت، به گونه‌ی مستقیم از گروه طالبان حمایت می‌کرد. در کنار این حامد‌الحق، پسر سمیع‌الحق، که جانشین پدرش شده است، خطاب به حکومت افغانستان مبنی بر سپردن نظام و امکاناتش به طالبان، حمایت خود را به گونه‌ی مستقیم از گروه طالبان اظهار کرده است. این‌همه نشان‌دهنده این است که آی‌اس‌آی به طور هدف‌مند از مدارس دینی پاکستان و گروه‌های افراطی به منظور رسیدن به اهداف کلان و تأمین منافع پاکستان در منطقه و جهان، حمایت می‌کند.

در کل، دستگاه استخباراتی ارتش پاکستان از مدرسه‌های دینی به منظور رشد تروریسم و ترویج بنیاد‌گرایی در منطقه حمایت می‌کند. آی‌اس‌آی از گروه‌های تروریستی به منظور ایجاد تهدید در برابر کشورهای همسایه پاکستان که منازعات مرزی و جغرافیایی با آن کشور دارند، استفاده‌ی ابزاری کرده است. هرچند بارها فشارهایی از جانب جامعه‌ی بین‌المللی مبنی بر محدود ساختن فعالیت‌های مدرسه‌های دینی  بر پاکستان وارد شده است، اما این فشار‌ها منجر به  اقدامات عملی  نشده است. از این رو، تا زمانی که دست آی‌اس‌آی از حمایت مدرسه‌های دینی و تولید نیروهای بنیاد‌گرا و افراطی کوتاه نشود، محدود ساختن بنیاد‌گرایی و افراطیت و جلوگیری از تهدیدات ناشی از فعالیت این مدارس در پاکستان و افغانستان، میسر نخواهد بود.